反渗透设备在使用过程中*常见的问题是脱盐率的下降和产水量的降低。企业在设备运行中如果发现二者或其中之一缓慢地降低，则很大程度上可能是污垢或水垢造成的，这种情况，我们应该对设备进行适当的清洗;反之，若突然或快速的设备性能下降，则表明处理系统出了问题或操作失当。
发生了问题，需要尽早解决，那么，如何及时的发现问题呢?首先是保存相应的记录。当发现系统脱盐率和产水量下降时，首先应该校正仪表，以避免因仪表原因而误判。这些仪表包括电导率表、流量表、压力表、温度表等。其次，要对记录的运行数据进行“标准化”。因温度、进水TDS、回收率、使用年限和水通量等发生变化，都会引起脱盐率和产水量的变化。通过计算得到标准化的产水量和脱盐率，然后与初始的运行数据进行比较，从而准确确认系统有无故障。
在使用过程中应该定期检查保养，反渗透设备的核心即反渗透膜，应该正确清洗，避免氧化或者是被硬物划伤影响出水的水质。